陆地、气候变化、海洋、淡水以及城市是TNC最为关注的五个方面。坚持多方协作，坚持以科学为基础的保护方法和标准化分析方法，是TNC进行所有保护工作的前提。在这样的前提下，TNC首先甄选出生物多样性保护优先区域，制定保护方案，并衡量保护成效。这套保护方法及标准化的分析方法构成了“自然保护系统工程”（Conservation by Design， CbD）的核心内容。

自然保护系统工程是TNC长期使用的保护工具和方法，为了减少在进行保护工 作决策时的不确定性，TNC还会经常使用这一框架下的两个方法生态区评估 （Eco-regional Assessment，ERA） 和保护行动规划（Conservation Action Plan，CAP）。